转录组测序
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任意物种的全转录组分析:无需预先设计特异性探针,因此无需了解物种基因或基因组信息,

够直接对任何物种进行全面的转录组分析;

覆盖度高:数字化信号,直接测定几乎所有转录本片段的序列;


检测阈值宽:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数;


分辨率高:可以检测基因家族中相似基因及可变剪接造成的单碱基差异;


检测范围广:从几个到数十万个拷贝精确计数,可同时鉴定及定量正常和稀有的转录本。

一、无参考基因组序列的转录组

1. 基础序列信息分析

1)对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理;

2)数据产出统计及测序数据的成分和质量评估;

3)组装结果分析;

4Unigene功能注释及COG分析;

5UnigeneGO分类;

6Unigene代谢通路分析;

7)预测编码蛋白框(CDS);

8Unigene表达差异分析;

9Unigene在样品间的差异GO分类和Pathway富集性分析;

10SNP分析(仅针对真核生物);

11SSR开发及引物设计(仅针对真核生物)。


2. 定制化信息分析

可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。



无参考基因组序列的转录组测序技术流程技术流程


二、有参考基因组序列的转录组

1.准信息分析

1)对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理;

2测序评估;统计rRNA比例(需提供rRNA参考序列)(仅针对原核生物)

3)基因表达注释;

4)基因差异表达分析;

5)差异基因的表达模式聚类分析(仅针对真核生物);

6)差异表达基因GO功能富集分析(仅针对真核生物);

7)差异表达基因Pathway显著富集分析(仅针对真核生物);

8)对基因结构进行优化(仅针对真核生物);

9)鉴定基因的可变剪接(仅针对真核生物);

10)新转录本预测及注释;

11SNP分析。


2. 定制化信息分析

可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。



有参考基因组序列的转录组测序技术流程技术流程


三、 链特异性转录组(需提供参考基因序列、参考基因组序列

链特异性技术,也称 strand-specific RNA sequencing method,是一种能够区分正义链或反义链信息的方法,其对于转录组的功能分析具有十分重要的意义。


1. 标准信息分析(真核生物)

分析内容同常规转录组。


2. 标准信息分析(原核生物)

1)基因结构分析;

2UTR注释及相关分析;

3Promoter预测;

4sRNA的注释及其相关分析(分析基因间区长度大于100ntsRNA);

5)其他(分析内容同常规转录组)。


3. 定制化信息分析


可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。


四、均一化转录组

基于双链特异性核酸酶(Duplex-Specific NucleaseDSN)的均一化文库构建技术,能够通过降低高丰度表达基因,有效地富集低丰度基因,以获得更全面的基因信息。

信息分析: 分析内容同常规转录组。


五、TruSeq微量转录组

TruSeq微量转录组测序使用Illumina TruSeq RNA Sample Prep Kit进行文库构建,可将单次构建的样品起始量降低至200ng,从而满足珍稀样本的测序需求,极大拓宽了转录组测序的应用范围。

信息分析:分析内容同常规转录组。


六、非编码RNA测序分析(需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果

定制化信息分析:可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

一、样品要求

常规转录组测序

A. 样品类型:去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA

B. 样品需求量(单次):植物和真菌样品:≥20 μg;人、大鼠、小鼠样品:≥5 μg

其他类型动物:≥10 μg;

C. 样品浓度:人、大鼠、小鼠样品:≥65 ng/μL;其它类型动物样品:≥150 ng/μL

D. 样品纯度:真核:OD260/280 =1.82.2OD260/230 ≥2.0

人和动物样品:RIN ≥ 7.0


TruSeq微量转录组

A. 样品类型:去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA。

B. 样品需求量(一次建库量):人、大鼠、小鼠样品:≥200ng;其他物种:≥1μg

C. 样品浓度:人、大鼠、小鼠样品:≥5ng/ul;其他物种:≥20ng/ul

D. 样品纯度:动物样品(昆虫除外):RIN≥7.028s/18s


二、项目运转周期

标准流程的运转周期约为50个工作日。


三、项目合格指标

产生不低于合同规定的clean reads数。

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